Najopaznejša naravna posebnost v Mislinjski dolini je gozd. To še posebej velja za tiste predele, kjer je tako strnjen, da pokriva nad 90 % površine (npr. v Komisiji in na nekaterih delih Pohorja). Posebnost pa so tudi vode - tako več kot šestdeset večjih in manjših potokov, ki se zlivajo v reko Mislinjo, kot izviri na Uršlji gori, ki izginjajo v kraških tleh in so glavni vir pitne vode za velik del Slovenj Gradca ter Mislinjske doline, kot vode, ki se na Pohorju zbirajo v majhnih šotnih barjih in tvorijo zanimiva jezerca.
Med pomembnejšeme pokrajinske zanimivosti na območju Mislinjske doline sodijo Uršlja gora, Lovrenška jezera in druga pohorska barja, pohorske planje, Mislinjski jarek s Komisijo ter kraški svet Hude luknje.